国共合作后，广州革命形势的日益发展，使帝国主义和地主买办阶级极为恐惧。英帝国主义为了颠覆广东革命政权，一方面策动陈炯明向广州进攻，另方面勾结广州商团，策动商团公开武装叛乱，妄图建立一个“商人政府”。
广州商团成立于1911年，原系一个武装自卫团体。1919年，英国汇丰银行广州分行买办陈廉伯和佛山地主陈恭绶分别窃取了商团正、副团长的职位，广州商团遂开始演变成为买办、大地主阶级支配的工具和帝国主义的附庸。
为颠覆广州革命政权，陈廉伯以商团的名义向英国南利洋行购买大批枪械，于1924年8月10日由丹麦船哈佛号秘密运抵广州。孙中山获悉后，下令把船上军火全部扣留在黄埔军校。蓄意谋叛已久的陈廉伯等人即借此扩大事态，逼迫政府发还被扣枪械。他们大肆攻击孙中山领导的革命政府，威迫商人罢市，并在广州市内遍设商团的哨位，纠集佛山、花县、三水等地商团武装来省，伺机发动武装叛乱。
对于商团的反叛行径，中共广州地委一开始便态度坚决地支持孙中山扣留商团偷运之非法枪械，给商团以回击，一方面向孙中山提出建议，对香港政府勾结商团颠覆广州革命政权的阴谋提出抗议；一方面发动广州各界群众声讨陈廉伯，并征得孙中山同意，省长廖仲恺的支持，由广州工人代表会在所属的工会中挑选 300多名青年工人组成工团军，由第二届农民运动讲习所200名男学员组成农团军，移驻省长公署，保卫革命政权。
孙中山及国民党左派在共产党和广大革命群众的大力支持下，断然拒绝了商团提出的发还被扣枪械之无理要求，下令通缉陈廉伯、陈恭绶。9月1日，孙中山发表了《为商团事件对外宣言》，愤怒谴责英帝国主义勾结商团、破坏中国革命，表示要“努力推翻帝国主义之干涉中国，扫除完成革命之历史之最大障碍?！?/span>
正当孙中山在共产党人和革命群众支持下，拟对商团的反叛行径进一步采取断然措施之际，革命营垒内部却出现了种种阻力。伍朝枢、许崇智等人认为，处理商团事件应当“和平审慎”；滇军军长范石生、师长廖行超等则更表示反对武力解决，并出面“调停”，商定由商团向政府缴纳50万元，政府则发还扣押的枪械。孙中山在国民党右派的压力下，“曲予优容，准予发还团械”①，并取消了对陈廉伯、陈恭绶的通缉。于是，商团的反动气焰更为嚣张了。
在孙中山对商团妥协忍让，国民党右派大肆渲染“扣械事件完全解决”，陈廉伯假惺惺地“通电拥护孙中山”等一派“太平”景象之时，中共广州地委多次指出“革命政府妥协政策之非计”，认为“不经过一番彻底的革命奋斗，革命政府直无存在之可能?！蓖?，中共广州地委发动各工农群众团体举行集会，发表通电，要求革命政府采取果断措施平息商团反叛，号召民众起来与商团的反革命阴谋进行斗争。10月10日是辛亥革命纪念日，中共广州地委呼吁改“双十庆祝节”为“双十警告节”，动员和组织了民族解放协会、反帝国主义大同盟、广州工人代表会、广州工团军、广州农团军等30个团体共5000多人，在广州第一公园召开警告商团大会?；岢”楣摇按虻沟酃饕濉?，“打倒军阀”，“革命未成功，庆祝不必谈”等大幅横额或标语。大会由孙律西主持，他指出：“革命未成功，我们不应庆祝，应是警告”。中共广州地委领导人谭平山被公推为大会主席，在会上阐述了这次警告大会的意义。冯菊坡、周恩来、杨石魂、罗绮园、陈志文、高尚德等中共党员和社会主义青年团员纷纷登台发表演说。周恩来以民族解放协会代表的身份严正警告一切妄图颠覆广州革命政权的反革命派，指出：“我们不要以为反革命派的势力极大，反革命派的气焰日张，只要下我们团结的决心，我们有工人可以武装，有农民可以自卫，有士兵可以作先驱，有学生可以作宣传，有商人可以做后盾，我们的实力便在此处?！彼购耪俟愦蟾锩褐凇巴沤崞鹄矗宄龉叭ハ蚍锤锩勺鍪就硕?”会后列队游行。当游行队伍途经西濠口时，竟遭商团军的袭击，群众死伤数十人，被捕多人，是为“双十惨案”。商团屠杀革命群众后，还到处张贴标语，呼喊： “孙文下野”、“反对国民党”、“驱逐孙文”等反动口号，发动反革命武装叛乱。
“双十惨案”后，中共广州地委的领导人陈延年即与苏联顾问鲍罗廷商议对策，并于当晚召开了党的主要干部会议，决定立即开展斗争，要求革命政府严惩商团祸首，解除商团军的武装；布置发动工、农、学等各界群众向广东革命政府请愿，提出具体要求，以推动国民党采取坚决的行动。同时，派出党团员在广州及各县做广泛的宣传工作。10月11日，广州反帝大联盟等30个革命群众团体发表了《为抗议商团军屠杀双十节示威的市民告国民书》。中共广州地委和社会主义青年团广东区委也联名发出《为双十节屠杀事告广州民众书》，揭露商团屠杀群众的罪行，并呼吁国民党革命领袖：“复活辛亥革命的精神，扫除向日妥协的空气，领导此可爱的工农兵学革命群众，从广州奋斗起来，解除商团武装?！?/span>
在共产党人的积极推动下，孙中山感到有了广大革命群众可以依靠，同时也看到了时局的严重性和妥协退让的危害性，遂下令建立革命委员会， 自任会长，委派谭平山、廖仲恺等为全权委员，命鲍罗廷为顾问，领导平定商团叛乱的斗争。革命委员会下设临时军事指挥部，谭平山、周恩来、陈延年、阮啸仙、杨匏安、刘尔崧等共产党员参加了临时指挥部的工作，发动和组织广州工人、市郊农民配合革命政府镇压商团叛乱。
10月14日傍晚，广州的革命军队向商团发起了猛烈的进攻。中共广州地委领导下的工团军和农团军共500多人参加了战斗，奉命攻击设于西瓜园的商团总部，击毙商团军数百人，立下了卓著的战功。15日凌晨，革命军队经数小时的激战，一举击溃了商团叛军，商团叛乱遂告平定，广州革命政府转危为安。
二、促成第一次东征和平定杨刘叛乱
革命政府以武力荡平商团叛乱后，广州的局势暂时得到了稳定。但是，在广州外围，东有陈炯明，占据着海丰、潮汕、惠州、兴宁、梅县等地，南有邓本殷，占据了广东南路大片地区，其面积几达全省的一半。他们拥兵自立，时刻威迫广州。而广州市内，则有因驱逐陈炯明而涌入的杨希闵、刘震寰的滇桂军把持，他们早巳心怀异志，伺机反叛。因此，广州革命政府仍然受到严重威胁。
1925年，盘据在广东东江、潮梅一带的军阀陈炯明，趁孙中山北上之机，在英帝国主义和北方军阀段祺瑞的支持下，举兵进犯广州，阴谋推翻广东革命政府。广州革命政府决定组织东征军，并于1月15日发表《东征宣言》，讨伐陈炯明。担负东征军右翼的是许崇智所部粤军。由于蒋介石兼任粤军参谋长，黄埔军校3000人编入右翼军。周恩来作为黄埔军校政治部主任随军东征，负责军中政治工作。
2月，东征开始后，中共广东区委组织了大批工农积极分子，帮助革命军队运送粮食弹药，担任医疗卫生、宣传鼓动等工作，并派彭湃回海陆丰发动农民，组织农民自卫军，配合革命军作战，中共广东区委发表了《檄告广东工农群众，保卫革命，打倒陈炯明》的文告，声讨军阀陈炯明的反动罪行，号召全省工农群众担负起保卫革命的伟大责任。②由于革命军队英勇善战，并得到中国共产党领导下的东江农民大力的支持和配合，东征军连战皆捷，不到两个月，便肃清了陈炯明在东江、潮梅地区中除惠州以外的反动势力，取得了重大的胜利。
5月中旬，正当东征军取得节节胜利的时候，盘踞广州的滇桂军阀杨希闵、刘震寰乘广州革命军队东征，后方守备空虚，西南军阀唐继尧又兴兵谋取广州之机，勾结香港英国政府及唐继尧、陈炯明等军阀，在广州策动叛乱，企图颠覆广州革命政权。6月4日，他们竟指挥军队占领了广东省长公署、财政部等重要机关，公开反叛。
针对时局，中共广东区委召开了紧急会议，认为杨、刘叛乱，实际上是帝国主义与中国军阀和国民党右派互相勾结，图谋颠覆广州革命政权的反革命活动，因此；绝不能与他们妥协，而应发动革命的力量肃清广州的反动势力。在策略上，应“明白攻击唐继尧，但意思还要侧重广州一般为内应之反革命军阀?！雹壑泄补愣榧浅卵幽暝技肆沃兮?，审慎地分析了敌情之后，坚定地指出：“桂军是心腹之患，假如不决心消灭他们的话，就无法肃清内部，无法统一和巩固广东革命根据地，更谈不上要进行北伐。因此，我们坚决主张反击?！敝泄补愣咕龆ㄓ陕抟嗯┑热俗槌伞案锩被帷?，作为党内与杨、刘展开斗争的决策机构，团广东区委则指定丁愿、赖玉润、周文雍、黄居仁、郭寿华、谭竹山、陈志文等人成立了“临时政治宣传委员会”，向广大群众开展宣传发动工作。
在如何对待杨、刘叛乱的问题上，广州革命政府有些官员开始时踌躇不决，廖仲恺也担心自己的力量敌不过拥有3万之众的杨、刘叛军。后来，在中共广东组织和人民群众的支持下，广州革命政府坚定了以武力平定杨、刘叛乱的决心，遂决定由陈延年代表中共广东区委、加伦代表苏联顾问团，廖仲恺、谭平山代表国民党组成“三方委员会”，作为广州革命政府平定杨、刘叛乱的指挥机关，并下令东征部队回师广州投入战斗。
为配合革命军队迅速解决杨、刘叛军，中共广东区委派遣杨殷、刘尔崧等布置铁路工人和轮渡运输工人罢工，以断绝敌人的交通，并切断敌人的电线、电话，使其首尾不能相应；指示阮啸仙、罗绮园等发动各地农会，组织农民协助东征军回师广州平叛。
6月5日，杨殷在东堤一小艇上，召集粤汉、广九、广三铁路工人代表举行会议，通过了一致罢工的决定。7日，三线铁路工人成立了罢工委员会，在“不灭杨、刘，工运不兴”的口号下，同时宣布罢工。所有的火车头能开走的一律开走，离开滇桂军的防区，不能开走的一律把重要机件拆除，使之不能启动。杨希闵曾以10万元的重赏雇佣工人开车，但无一人应征。结果，滇桂军防区内的铁路运输全部中断，其部队无法按照预定计划集结。而广州革命政府的东征部队，一旦到达铁路沿线，铁路工人马上复工，因此能迅速回师广州，解决杨、刘叛军。
东征军由潮汕回师广州所经过的地区，各级农民协会都发动和组织农民担任向导、运输等工作。广州邻近的番禺、南海、顺德、宝安、花县、清远等县及广州市郊的农民自卫军亦纷纷行动起来，，或骚扰杨、刘驻军的后方，或收缴当地杨、刘军队的枪械。中共广东区委还通过省农民协会派出熟悉当地情形的得力干部参加大元帅府参谋团，担任侦察工作。共青团广东区委也指示沙面青年工社社员到广州西关一带滇、桂军的驻地侦察叛军的驻防情况。
6月10日，各奉命回师广州平叛之革命军队沿途击溃叛军的防线，抵达广州外围。6月12日拂晓，大元帅府下达了总攻击命令。各路回师广州参加平叛的革命军队如猛虎下山，与敌军展开激战。集结于广州河南的市郊及邻县农民自卫军几千人，在共产党员赵自选的指挥下，乘雾过江，包围先施公司，拔下滇军这一重要据点。由于军民团结，经过一天的战斗，滇、桂叛军终被平定，广州的局势再度转危为安。
镇压商团叛乱、东征陈炯明和平定杨、刘反叛，沉重地打击了广东的反动势力，使广州革命政权得到初步的稳定，为广东革命根据地的统一创造了有利的条件。1925年6月13日，中共广东区委发表了《中国共产党对于广东时局宣言》，呼吁广州革命政府进行“新的改革，在广东开一新纪元”，实行“统一行政，绝对禁止军人委员长实行地方自治”，“统一财政，废除苛捐杂税，修改税则，绝对禁止军队霸占征收机关”，“统一军政，严禁军队扰害人民”，并号召人民群众为革命政府的后盾，支持政府的改革。7月1日，中华民国国民政府成立，国民政府委员在广州第一公园宣誓就职。在广东境内实行军政统一、民政统一、财政统一、军需独立及军队须受政治训练等制度的条件日臻成熟。
三、促成第二次东征和南讨
1925年8月，仍然盘据在闽粤赣边的陈炯明军阀部队，乘东征军撤离粤东、回师广州镇压杨、刘叛乱，以及国民政府忙于巩固内部的机会，卷土重来，接连攻陷潮汕各县及五华，9月中旬又进犯海陆丰。
为彻底摧毁广东境内的反动军阀势力，争取实现广东革命根据地的统一，中共广东区委全力促进国民政府再次出师东征。9月24日，中共广东区委通过对外协会发动6万多人在广州举行示威游行大会，要求肃清反革命、统一广东。谭平山、林伯渠、邓中夏、阮啸仙等先后发表演讲。当天，中共广东区委和团广东区委联合发表《对广州各界示威运动宣言》，指出：“革命中枢之广州完全稳固。中枢之稳固将有力地扫除东江及南路之余孽，于是广东统一已有实现之可能”，并呼吁“政府方面须有更大之革命决心；人民方面须有更大而密切的团结，使广东能统一，人民能享和平与幸福，中国国民革命能有一强固之基础。”
在此期间，中共广东区委派遣杨石魂、刘锦汉、廖其清、廖伯鸣、方达史等中共党团员率领岭东同志会部分成员前往潮梅地区，与当地党团组织一起发动群众，开展反对陈炯明军阀割据的敌后斗争，并随时配合国民政府的部队进剿陈炯明。
1925年10月1日，国民政府举行第二次东征。蒋介石任东征军总指挥，周恩来任东征军总指挥部总政治部主任。出师前，周恩来亲自组织了东征宣传队，下属十二个分队，宣传国民政府之政策及东征之意义，发动民众支援东征；又到省港罢工工人代表大会作报告，号召罢工工人踊跃参加东征运输队和卫生队。经邓中夏、苏兆征、李森等共产党人分别发动，几天之内，即编成了3000多人的运输和卫生队，参加东征部队的战斗。
东征军在东江各地人民的支援下，在军中的共产党员和共青团员的带动下，士气高涨，进兵神速。10月14日攻下惠州，22日进占海丰，26日攻克陆丰，11月初即收复了东江，解放了潮梅各地，把陈炯明，的军阀部队全部赶出了广东，取得了第二次东征的胜利。
在东征军讨伐陈炯明之际，盘踞于南路的反动军阀邓本殷在帝国主义支持下，倾其全力大举北犯，以策应军阀陈炯明。为此，国民政府决定派李济深率第四军参加南征，从紫金回师讨伐邓本殷。中共广东区委征得国民政府的同意后，把团广东区委的领导人张善铭调往主力部队国民革命军第四军中任政治部主任；又派黄学增、韩盈等人到南路，王文明、杨善集等人到琼崖，与当地的中共组织联系，发动群众开展斗争，以配合南讨部队进军。邓中夏、苏兆征等组织了1000多名省港罢工工人随军出发，担任运输工作。1925年底，国民革命军光复南路各地，次年2月，又解放了琼崖，邓本殷被彻底打败。
东征和南讨的胜利，是国共两党合作，建立和巩固广东革命根据地，推进国民革命运动的一次重大胜利。中共广东区委发动省港罢工工人和东江、南路的革命群众，有力地支持配合了国民革命军的胜利进军。国民革命军中的共产党员、共青团员身先士卒，英勇杀敌，立下了不朽的战功。东征和南讨的胜利，使广东革命根据地实现了军政、财政、民政的统一，同时，革命军所到之处，中共广东区委均派共产党员前往发动群众，开展工农运动，建立党的组织，使革命的火种在全省各地迅速燃烧起来。这一切，都为日后国民政府出师北伐创造了极其有利的条件。①《大元帅详述商团谋叛经过》，载《广州民国日报》1924年10月27日。
②《广东区党、团研究史料(1921—1926年)》第143页，广东人民出版社1983年2月出版
③《团广州地委宣传部报告(第16号)》，1925年