随着国民革命运动的发展，一方面是中共广东各级组织迅速壮大；另一方面是革命统一战线内部各政治派别的分化日益明显，从而使统一战线内部的矛盾更尖锐、复杂。中共广东区委认为，要使各级组织在广东这样一个复杂的政治环境下，肩负起作为全国革命中心的战斗堡垒的重任，必须有一个强有力的战斗指挥部。因此，健全区委的领导机构，巩固和发展党组织是至关重要的大事。
1924年冬，由于中共广东区委委员长周恩来就任黄埔军校的政治部主任，1925年2月又参与领导军校学生军讨伐陈炯明的第一次东征，军务相当繁忙，因而中共广东区委报经中央同意，改由陈延年任中共广东区委书记(1925年1月四大后，各区的“委员长”改称为“书记”)，这样，保证了广东区委书记有比较充分的时间专致于党务工作。随着党的军事工作的开展以及党组织的发展，广东区委又增设了军事委员会、监察委员会和秘书长，并先后创办党的机关刊物《农工旬刊》和《人民周刊》，以宣传党的政治主张和有关政策。对于部门负责人因工作需要，不适宜继续担任原职的，广东区委又及时进行了调整，以保证部门工作的连续性。
中共广东区委还致力于发展党的基层组织，加强对各级组织的领导。省港大罢工爆发后，在斗争中涌现出大批工人积极分子，区委通过省港罢工委员会党团召开各罢工工会积极分子大会，向罢工工人介绍党的纲领和党的基本知识，动员工人积极分子加入党的组织，以后，又在各工会建立党支部。省港罢工前，广东仅有党员400多人，罢工后的1926年9月发展到5000多人，仅广州一地，建立党支部达30多个。为了及时总结经验、指导全面，中共广东区委书记陈延年提出，经区委同意，由区委直接抓广州党的基层组织，因此，广州不设市一级的领导机构，各基层支部均由区委直接领导。对于各级组织，区委建立了严格的组织生活和会议制度。区委委员原则上每月至少开会两次，必要时则召开临时会议或紧急会议，一切重大问题均提交会议讨论决定，然后分头贯彻。每个党员不论其职位高低，都必须参加党的小组会或支部会，经常学习党的文件和指示，讨论党的工作。无故不参加党的组织生活者，根据情况给予批评、警告或纪律处分。当时在广东大学任教的周佛海，1921年前已在日本参加共产党组织，是中共“一大”代表之一，但他自由散漫，目无组织纪律，经常擅自不参加党的组织生活，还经常发表与党的策略相违背的言论。陈延年曾亲自找他谈话，对他进行批评教育，但他毫无悔改之意，最后经区委会议讨论决定，将其开除出党。
二、加强党内思想教育
中共广东区委在积极进行党的组织发展工作的同时，还注重加强党内的思想教育工作?！度嗣裰芸肥侵泄补愣幕乜?，创刊于1926年2月7日，于1927年4月?？?，共出版50期，由区委委员张太雷任主编，区委的主要领导人均积极撰稿。该刊在宣传马克思主义，宣传党的方针政策，指导革命运动，反击国民党新老右派进攻等方面都起着重要的作用。区委十分重视组织党员学习该刊。因此，《人民周刊》每期发行均达1万份以上。为了交流党内工作经验，1926年，广东区委又出版了不定期的内部刊物《我们的生活》，由区委书记陈延年亲任主编，他在发刊词中明确地指出，印行这本小册子，是“为推进党的教育与训练”。中共广东区委还翻印党中央的机关刊物《响导》，通过区委的发行机构国光书店，发给党团员阅读，使党员、团员及时了解党中央的方针政策，得到教育。
举办不定期的政治报告会和专题报告会，也是广东区委加强党内思想建设的重要方式之一。当时，全国革命形势发展很快，党内外各种矛盾错综复杂，而党内相当一部分工农出身的党员文化水平不高，学习党刊有一定困难，因此，区委经常结合形势的变化，举办不定期的政治报告会和专题报告会，报告各地的政治情况、民众运动的情况、党的策略方针等。党团员干部参加学习后，在支部会上向普通党团员传达，这就大大提高了全体党员的政策水平，从而在斗争中自觉地贯彻、执行党的政策。
但是，由于很多担任宣传教育工作的负责人忙于实际工作，难得抽出时间组织一般党员群众进行较为系统的学习和训练，因此，在一段时间内，区委对于党员进行系统的马克思主义教育仍是比较薄弱的一环。尤其是在省港罢工后，大批工人积极分子加入了共产党组织，一些人担任了党的领导工作，他们政治立场坚定，又有较丰富的工人运动工作经验，但欠缺马克思主义的基本理论修养，更需要有一个集中学习的机会，为了解决这一问题，1926年四五月间，中共广东区委利用第三次全国劳动大会在广州召开；中央及各省高级负责人云集在广州的有利条件，聘请理论水平较高的领导干部担任教员，举办了几期党员干部深造班，以培训工人党员干部为主旨，由组织部选定名单编班上课，每班 30至40人，以4周为一期，每周上课3晚，课程内容有社会发展史、唯物主义论、共产主义与共产党、中国共产党党章、党的秘密工作、帝国主义问题、中国革命的任务、中国职工运动、广东农民运动，以及其它的政治专题报告。主要教员有恽代英、罗亦农、萧楚女、邓中夏、彭湃、穆青等。苏联顾问鲍罗廷、加伦等人曾前往作专题报告。通过比较正规的有计划的理论学习，提高了工农出身的党员骨干的政治思想水平。在这基础上，中共广东区委逐步建立起每周定期的党课制度，使普通党员都能经常接受马克思主义和党的基本知识的教育。
随着全省各地共产党组织的建立和发展，鉴于以前的党员训练班参加者均是广州的党团员，而对各县党的负责人只能寄去学习材料指导学习，极少有面授机会的情况，中共广东区委决定与团广东区委合办一间党校，由省内各地负责实际工作的党员到党校学习，以进一步提高各地党团员干部的政治思想素质。1926年6月1日，党校正式开课，学科分为理论、党务、政治及实际工作四个方面，每个方面又分若干课程，学习时间为期一个月，每天上课不少于4个小时。党校学员集中住宿，并组成校内的中共支部。广州各支部书记则到班旁听。区委的主要领导干部分别担任各门课程的教员。这种比较正规的党校举办了几期，对广东各地的领导干部基本上都进行了一次系统的理论教育。
三、领导带头树立良好的工作作风
中共广东区委的领导干部不仅重视提高党员的思想理论水平，而且处处注意严格要求自己，带动全体党员树立良好的思想作风和工作作风。区委书记陈延年经常向党员提出“要做一个列宁式的党员”，并身体力行，为人表率。他对工作认真负责，坚持原则，一丝不苟。他初来广州时，由于语言障碍，与群众接触和交谈不便，不利于深入了解情况。为克服这个困难，他经常到群众最低层的人力车夫中间去，与工人一起拉车子，一面了解工人情况，一面向工人学讲广州话。对此，香港《工商日报)曾作为大新闻，并讥讽说，共产党的干部学拉车，真没出息。陈延年看后置之一笑说：“共产党员当车夫，这不仅不是耻辱，而是十分光荣的事?！彼纳罴笃樱吭潞痛蠹乙谎烊?0元的生活费，除交伙食费和零用钱外，全部作为党费交给组织，而自己则粗茶淡饭，身穿残旧的衣服鞋帽。平时他不闲游，不上馆子，不搞私交，不看戏，把全部精力放在工作和学习上。陈延年在担任广东区委书记两年多的时间中，艰苦朴素，作风踏实，工作卓有成效，被誉为中共广东组织“开疆辟土的拖拉机”，在区委领导机关中树立了良好的榜样，有力地带动了全体党员以良好的作风开展各项工作。
陈延年既以自己的模范行动教育干部和党员群众，又能坚持原则，对党内出现的不良倾向开展批评和斗争。省港大罢工开始后，区委组织部有个叫蒲成德的干事，携带党费3000多元潜逃。陈延年知道后，一面组织追查；一面召开有关人员会议，对组织部长穆青进行严肃的批评帮助。陈延年和穆青是在苏联东方劳动大学时的同学，交谊甚笃，但他从党的原则出发，严厉地批评穆青粗心大意，责任心不强。穆青除在会上作了深刻的检讨外，还受到了党纪处分。这件事给区委的全体工作人员以深刻的教育。
由于中共广东区委的组织建设和思想建设抓得踏实细致，领导干部带头树立良好的工作作风，所以广东的党组织有着较强的战斗力，在广东历次重大斗争中发挥了坚强的领导核心作用，至 1927年，全省党员人数达9000多人，占全国党员人数的六分之一。其中中共广东区委机关所在地广州，拥有30多个党支部，2000名党员。